Además de eso cuenta con un segundo piso y con cuatro salas de exposición; una de ellas se llama Rufino Tamayo, la otra Rodolfo Morales, la tercera tiene el nombre de Rodolfo Nieto y la cuarta Joven Francisco Gutiérrez, pero detrás de todo lo que conocemos actualmente hay una historia, la cual menciona que en el año de 1686 fue un colegio para niñas llamado “Las Doncellas de Nuestra Señora de la Presentación”. Más tarde en 1933 se transformó en el Museo de Antropología e Historia, albergando una columna de la zona arqueológica de Mitla. Para 1986 pasó a ser el Museo Regional del Estado y en 1992, fue ocupado por el Ayuntamiento hasta que en 1993 y 2003, se convirtió en la Secretaría de Turismo. 

Pero fue hasta el año 2004, cuando se fundó el Mupo, por decisión del Gobierno del Estado, quien buscaba un sitio que promoviera no solo el arte de Oaxaca, sino también el de otros países. En su museo se exponen obras de pintura, escultura, fotografía. Algunas de las obras más significativas pertenecen al fundador y Director del Mupo; Juan Alcázar, Francisco Toledo y Carlos Monsiváis, entre otros artistas. 

Sin embargo, cada rincón despierta la curiosidad de los visitantes, sus diferentes salas y pasillos invitan a descubrir más sobre la historia que hay detrás de cada obra expuesta. Además es un ambiente creativo, lleno de paz, tranquilidad, fuente de inspiración para los amantes del arte. Es un espacio donde el arte oaxaqueño e internacional se entrelazan para conectar a las personas con otras culturas, así como perspectivas artísticas.